La Unidad Académica Regional La Paz comenzó sus actividades en el año 1966 con la apertura de las carreras  de Administración de Empresas y Economía, siguiendo la línea instaurada en 1964 a través del Instituto Superior de Economía de la Empresa y que posteriormente dio paso a la fundación de la Universidad Católica Boliviana “San Pablo”. En 1971 se suman las carreras de Psicología y Comunicación Social y posteriormente, en la década de los “80”, Turismo y Relaciones Públicas. Su crecimiento y expansión se inicia a partir de 1990 con la incorporación de la carrera de Derecho. Actualmente oferta 20 carreras en distintas áreas de estudio.

La Unidad Académica Regional Cochabamba inicia formalmente sus actividades el 26 de febrero de 1971 con el funcionamiento de la carrera de Filosofía. Posteriormente ésta se convierte en la Facultad de Filosofía y Teología que en aquella época fue parte del Instituto Superior de Estudios Teológicos (ISET).  Es importante mencionar que el 6 de marzo de 1965 se inauguró la Escuela de Enfermería “Elizabeth Seton”.  A partir de la década de los “90”, la universidad tiene en Cochabamba un espacio consolidado en áreas teológicas, humanistas y científicas.

Las Unidades Académicas Campesinas (UAC´s )  inician actividades el año 1987 en las localidades de Tiahuanaco, Batallas y Pucarani  con las carreras de Agronomía, Agroindustria y Enfermería  respectivamente. En 1972, en la localidad de Escoma, se inician actividades académicas en la carrera de Técnico Superior en  Agropecuaria. La creación de la Unidad Académica Campesina de Carmen Pampa, ubicada a 14 km de Coroico (La Paz),  tiene lugar el 14 de octubre de 1993 con una oferta académica en Agropecuaria, Enfermería, Veterinaria y Zootecnia.

La Unidad Académica Regional Santa Cruz fue fundada el  1° de marzo de 1993 iniciando sus actividades con la carrera de Psicopedagogía a través de un convenio con la Congregación de las Hermanas Franciscanas Angelinas.  En 1991 se creó la carrera de Ciencias Religiosas como tercer Programa Académico de la Iglesia en Santa Cruz entre la universidad y las Hermanas de Misioneras de la Doctrina Cristiana. Desde el nuevo milenio, la Unidad Académica Regional Santa Cruz consolida su quehacer académico incluyendo las carreras de Medicina, Odontología, Ingenierías, Arquitectura, Kinesiología y Fisioterapia.

En el año 1994 se estableció el Programa de Maestrías para el Desarrollo (MpD), en cooperación con la Universidad de Harvard, y posteriormente MpD se amplió a la Escuela de la Producción y la Competitividad (ePC) con programas de Grado y Técnico Superior. La ePC-MpD, ofrece programas de alto nivel académico en áreas de gestión pública, emprendimiento, desarrollo empresarial,  negocios internacionales y finanzas, orientando su trabajo al sector público y privado en la formación y actualización de gerentes, emprendedores  y profesionales de alto nivel.

La Unidad Académica Regional Tarija  inició actividades el año 2000, ofreciendo las carreras de Administración de Empresas, Arquitectura, Comunicación Social, Derecho e Ingeniería Civil. Previamente, la iniciativa nace en noviembre de 1992 gracias al impulso de un grupo de destacados ciudadanos tarijeños  que crean la Fundación Educativa, Científica y Cultural que más tarde, en 1994, apoyó la puesta en marcha de la Universidad San Bernardo de Tarija. Posteriormente, la mencionada Fundación y la Universidad Católica Boliviana “San Pablo”, firmaron un convenio de transferencia que dio lugar a la instalación de la cuarta unidad académica regional. Actualmente oferta doce (12) carreras orientadas, en su mayoría, a las distintas ramas de Ingeniería.  

El programa UCBx –Educación Virtual nació como respuesta a los nuevos desafíos que las universidades enfrentan por las emergentes tecnologías de la información en educación. Inició sus actividades el año 2017 a través del portal web: www.ucbx.edu.bo.  La plataforma empezó con la oferta de diez cursos de tecnología de alto impacto para profesionales de distintas áreas y ocho cursos de auto nivelación en línea, dirigidos a jóvenes que finalizan sus estudios secundarios. UCBx es además un instrumento que permite la inclusión y equidad porque llega a todo el país para proporcionar, actualizar y perfeccionar los conocimientos, habilidades y destrezas de profesionales, universitarios y estudiantes del nivel secundario.